Era hijo de Charles-Louis Willaert, decorador y retratista, y era el mayor de una familia de trece hijos. Sus hermanos Arthur (1875-1942) y Raphaël Robert Willaert (1878-1949) también fueron pintores.

Recibió su formación en la Academia de Gante, con Theodoor Caneel y Louis Tytgadt. A los veintitrés años en 1884, él mismo se convirtió en profesor en la academia. De 1887 a 1890 estudió en la Academia de Bellas Artes de París.

Ferdinand Willaert era un viajero ávido y se quedaba regularmente en el sur, lo que tuvo un claro impacto en su estilo. En 1887 viajó con A. Marcette a España y Marruecos, donde descubrió la verdadera luz. También entre 1890 y 1892 viajó a Marruecos con sus amigos Albert Lebourg e Ignacio Zuloaga. A su regreso, exhibió sus obras sobre Tánger en el Cercle artistique et littéraire de Gand, que fue el comienzo de su gran avance artístico.

En 1893 se convirtió en miembro de la Société Nationale des Beaux-Arts de París y en 1907 se convirtió en secretario del círculo. Luego también se convirtió en miembro de la Société du Salon d'Automne de París y de la Société Royale des Beaux-Arts de Bruselas.
En 1899 se convirtió en miembro del jurado de los salones belgas y, como tal, participó en el equipamiento de varios salones en Gante, Amberes y Bruselas. Es a partir de entonces cuando él mismo participó en exposiciones extranjeras en Turquía, Francia, Holanda, Alemania, Inglaterra, Italia, España, Rusia, Egipto y Estados Unidos, donde fue galardonado en varias ocasiones.

En 1901 fue nombrado director de la Academia de Dendermonde, cargo que ocuparía hasta 1934.

Ferdinand Willaert se casó por primera vez con Léontine Van Loo en 1893. Tras la muerte de su primera esposa en 1904, se volvió a casar el 21 de marzo de 1908 con Valentine Fontan, nacida en el sur de Francia, hija del pintor Joseph- Auguste, Fontan y ella misma una artista que pintó naturalezas muertas, flores, interiores, retratos y escenas con figuras. Estaban ubicados en 7 Drabstraat en Gante. La pareja tuvo una hija llamada Marguerite en 1918. Después de su matrimonio, pasaron las vacaciones en el lugar de nacimiento de Valentine en Magnan, en el departamento de Gers, en el suroeste de Francia.

Ferdinand Willaert se convirtió en caballero de la Orden de la Corona y oficial en la Orden de Leopoldo. Después de su muerte fue enterrado en el Campo Santo en Sint-Amandsberg.