Gerard era un fratello maggiore di Cornelis van Spaendonck (1756-1840), anch'egli noto pittore. Negli anni 1760-1769 studiò ad Anversa con il pittore decorativo Willem Herreyns. Nel 1769 si trasferì a Parigi, e nel 1774, tramite la mediazione di Claude-Henri Watelet, all'età di 28 anni, fu nominato miniaturista alla corte di Luigi XVI. Espone per la prima volta nel 1777. Nel 1780 succede a Françoise Basseporte (1701-1780) come professore di pittura floreale al Jardin des Plantes. Poco dopo fu eletto membro dell'Académie des beaux-arts.

Van Spaendonck dipinse sia ad olio che ad acquerello. Ha realizzato più di cinquanta opere per i Vélins du Roi, una rinomata collezione di acquerelli botanici di proprietà della famiglia reale francese. Dal 1799 al 1801 pubblicò 24 tavole dei suoi Fleurs Dessinées d'après Nature (Fiori disegnati dal vero); incisioni di alta qualità per studenti di pittura floreale. Oggi Fleurs dessinées d'après nature è un libro molto apprezzato nel campo della pittura floreale.

Nel 1788 Van Spaendonck fu nominato consigliere dell'Académie e nel 1795 fu uno dei fondatori dell'Institut de France. Nel 1804 fu insignito della Legion d'Onore. Poco dopo fu nobilitato da Napoleone Bonaparte. Van Spaendonck morì nel 1822 all'età di 76 anni.

In Groeseindstraat 99 a Tilburg, si può vedere una targa dove un tempo si trovava il luogo di nascita dei fratelli Van Spaendonck. Oltre al pittore Karel Appel, Gerard van Spaendonck è l'unico olandese ad essere sepolto al Père Lachaise di Parigi. Gerard è proprio dietro la tomba di Chopin.