Ele era filho de Charles-Louis Willaert, um decorador e pintor de retratos, e era o mais velho de uma família de treze filhos. Seus irmãos Arthur (1875-1942) e Raphaël Robert Willaert (1878-1949) também foram pintores.

Ele recebeu seu treinamento na Academia em Ghent, com Theodoor Caneel e Louis Tytgadt. Aos 23 anos em 1884, ele próprio se tornou professor na academia. De 1887 a 1890, ele estudou na Academia de Belas Artes de Paris.

Ferdinand Willaert era um viajante ávido e regularmente se hospedava no sul, o que teve um claro impacto em seu estilo. Em 1887 viajou com A. Marcette para a Espanha e Marrocos, onde descobriu a verdadeira luz. Também entre 1890 e 1892 viajou para o Marrocos com seus amigos Albert Lebourg e Ignacio Zuloaga. Em seu retorno, ele expôs suas obras sobre Tânger no Cercle artistique et littéraire de Gand, que foi o início de sua descoberta artística.

Em 1893 tornou-se membro da Société Nationale des Beaux-Arts de Paris e em 1907 tornou-se secretário do círculo. Em seguida, tornou-se também membro da Société du Salon d'Automne parisiense e da Société Royale des Beaux-Arts de Bruxelas.
Em 1899, tornou-se membro do júri dos salões belgas e, nessa qualidade, esteve envolvido no fornecimento de vários salões em Gante, Antuérpia e Bruxelas. Foi a partir daí que ele próprio participou em mostras estrangeiras na Turquia, França, Holanda, Alemanha, Inglaterra, Itália, Espanha, Rússia, Egito e Estados Unidos, onde foi várias vezes premiado.

Em 1901 foi nomeado diretor da Academia de Dendermonde, cargo que ocupou até 1934.

Ferdinand Willaert foi casado pela primeira vez com Léontine Van Loo em 1893. Após a morte de sua primeira esposa em 1904, ele se casou novamente em 21 de março de 1908 com Valentine Fontan, que nasceu no sul da França, filha do pintor Joseph- Auguste, Fontan e ela mesma uma artista que pintou naturezas mortas, flores, interiores, retratos e cenas com figuras. Eles estavam localizados em 7 Drabstraat em Ghent. O casal teve uma filha chamada Marguerite em 1918. Após o casamento, eles passaram as férias na cidade natal de Valentine, em Magnan, no departamento de Gers, no sudoeste da França.

Ferdinand Willaert tornou-se cavaleiro da Ordem da Coroa e oficial da Ordem de Leopoldo. Após sua morte, ele foi enterrado no Campo Santo em Sint-Amandsberg.