Nascido na cidade de Jackson, Califórnia, em 2 de junho de 1869, Raphael estudou com Arthur F. Mathews na California School of Design. Em 1902 ingressou na École nationale supérieure des Beaux-Arts em Paris, mas depois mudou-se para a Académie Julian e estudou com Jean-Paul Laurens.
Ele passou parte dos próximos anos na Holanda, produzindo pinturas em um estilo sombrio derivado dos mestres holandeses. Em 1906, seu grande óleo La Fete du Bourgmestre recebeu uma menção honrosa no Salão de Paris; foi posteriormente comprado por um grupo de amigos em San Francisco e dado à San Francisco Art Association.
Em 1910 fez uma exposição individual no San Francisco Institute of Art; começando em 1913 ele teve exposições anuais em Helgesen Galleries, San Francisco. Ele enviava obras de arte para seu amigo e patrono de São Francisco Albert M. Bender, que comprava algumas e encorajava amigos a comprar outras. Raphael também participou das exposições coletivas anuais da San Francisco Art Association.
Em pouco tempo, ele adotou um estilo emprestado do impressionismo francês, eventualmente usando pinceladas mais amplas, mais livres e mais pós-impressionistas. Em 1912 ele era casado e morava em Uccle, Bélgica, um subúrbio de Bruxelas.
Ele produziu muitas pinturas do campo perto de sua casa. À medida que a reputação internacional de Raphael crescia, sua família também crescia, incluindo quatro filhas e um filho. Sua família frequentemente aparecia em suas obras figurativas. No início da década de 1930, Raphael e sua família moravam em um subúrbio de Leiden, na Holanda, e ele pintava frequentemente nas proximidades de Bruges.
Em 1939, com a aproximação da Segunda Guerra Mundial, ele retornou a São Francisco, onde morou e manteve um estúdio na Sutter Street até sua morte em 11 de dezembro de 1950.
Conhecido principalmente como pintor, Raphael também era um gravurista habilidoso, criando inúmeras gravuras e xilogravuras coloridas de cenas europeias e da área da baía de São Francisco.
