Nato nella città di Jackson, in California, il 2 giugno 1869, Raphael studiò con Arthur F. Mathews alla California School of Design. Nel 1902 entrò all'École nationale supérieure des Beaux-Arts di Parigi, ma poi si trasferì all'Académie Julian e studiò con Jean-Paul Laurens.
Trascorse parte degli anni successivi nei Paesi Bassi, producendo dipinti in uno stile oscuro derivato dai maestri olandesi. Nel 1906 il suo grande olio La Fete du Bourgmestre ricevette una menzione d'onore al Salon di Parigi; fu successivamente acquistato da un gruppo di amici a San Francisco e donato alla San Francisco Art Association.
Nel 1910 tiene una mostra personale al San Francisco Institute of Art; a partire dal 1913 tenne mostre annuali alle Helgesen Galleries, San Francisco. Spediva opere d'arte al suo amico e mecenate di San Francisco Albert M. Bender, che ne acquistò alcune e incoraggiò gli amici a comprarne altre. Raphael ha anche partecipato alle mostre collettive annuali della San Francisco Art Association.
In poco tempo adottò uno stile preso in prestito dall'impressionismo francese, utilizzando infine pennellate più ampie, più libere e più post-impressioniste. Nel 1912 era sposato e viveva a Uccle, in Belgio, un sobborgo di Bruxelles.
Ha prodotto molti dipinti della campagna vicino a casa sua. Man mano che la reputazione internazionale di Raffaello cresceva, anche la sua famiglia crebbe, fino a includere quattro figlie e un figlio. La sua famiglia è apparsa spesso nelle sue opere figurative. All'inizio degli anni '30 Raphael e la sua famiglia vivevano in un sobborgo di Leiden, in Olanda, e dipingeva spesso nella vicina Bruges.
Nel 1939, con l'avvicinarsi della seconda guerra mondiale, tornò a San Francisco, dove visse e mantenne uno studio in Sutter Street fino alla sua morte, avvenuta l'11 dicembre 1950.
Conosciuto principalmente come pittore, Raphael era anche un abile incisore, creando numerose incisioni e xilografie a colori di scene europee e della Baia di San Francisco.
